Toponimia

Su nombre obedece a la barra que forma el río Jamapa al desembocar en el Golfo de México. Los mexicas la llamaron Tlapaquitan o tierra partida. Los españoles le llamaron Río de las Banderas, recordando que los indígenas se comunicaron con ellos por medio
El lugar recibe el nombre por su ubicación en el margen izquierdo del río Jamapa en su desembocadura. Los españoles de Grijalva, en 1518 le llaman río de Banderas, porque ahí rescataron oro, con indígenas que llevaban pequeñas banderas para hacer señales. Después de 1474 quedan bajo la dominación mexica que le llamó Tlapamiquitlan (tierra partida), y así figura en el códice Mendocino con el distrito fiscal de Cuetlachtlan.  
En 1879 se segregan de Boca Del Río, la Hacienda de Santa María Punta, Hato y Antón Lizardi, para pertenecer al Municipio de Alvarado.  
Por decreto del 26 de enero de 1988 se eleva a la categoría política de Ciudad, la Villa de Boca Del Río.

Orografía

El Municipio se encuentra ubicado en la zona central del estado, sobre la parte costera de las Llanuras del Sotavento. 
Hidrografía
Se encuentra regado por el río Jamapa que desemboca en la barra de Boca del Río en el Golfo de México. 

Clima

Su clima es cálido-regular con una temperatura promedio de 25 °C; su precipitación pluvial media anual es de 1 mil 694 mm.